IZOLACJA?   REAKCJE?   >>> SKLEP ON-LINE <<<

Fragment Analyzer AATI (USA)
automatyczna elektroforeza kapilarna DNA i RNA
alt

Fragment Analyzer jest rekomendowany przez firmę  illumina



Fragment Analyzer to system do automatycznej elektroforezy kapilarnej DNA i RNA, pozwalający na jednoczesny rozdział od 12 do 288 prób bez ingerencji użytkownika, bez konieczności przygotowywania i nakładani żelu. Wyniki otrzymujemy w postaci liczbowej – wielkość i stężenie poszczególnych prążków – jak i graficznej – zdjęcie żelu. Fragment Analyzer jest polecany przez firmę Illumina do analizy ilościowej i jakościowej fragmentów przed przygotowaniem biblioteki do sekwencjonowania.

Przykładowe aplikacje:
- sekwencjonowanie nowej generacji NGS
- CRISPR/Cas9A
- genomowe DNA do 40000pz
- fragmenty DNA po reakcji PCR
- całkowite RNA, cDNA, miRNA
- mikrosatelitarne DNA, SSR
- analiza mutacji, TILLiNG


Fragment Analyzer wykorzystuje opatentowaną technologię, która opiera się na bardzo czułym pomiarze flurescencyjnym podczas rozdziału  kwasów nukleinowych  w kapilarach. Przed każdą analizą aparat samodzielnie nakłada żel do kapilar, a następnie automatycznie nakłada próbki. Po zakończeniu rozdziału wyniki automatycznie są analizowane  w łatwym w obsłudze i intuicyjnym oprogramowaniu ProSize (http://aati-us.com/product/fragment-analyzer/software)


Parametry techniczne:
- dostępne formaty kapilar 12, 48 lub 96
- możliwość jednoczesnej aplikacji 12, 48 lub 96
  prób jednocześnie
- wysoka czułość – limit detekcji DNA 5pg/ul
- wysoka rozdzielczość – możliwość rozdziału fragmentów
  różniących się od siebie tylko o 2pz
- gotowe zestawy – dostępne gotowe zestawy stabilne przez
  minimum 8 miesięcy

- rodzaje analiz – szeroki zakres aplikacji, możliwość użycia
  dwóch różnych żeli w trakcie trwania jednej analizy


PORÓWNANIE z aparatem Bioanalyzer firmy Agilent na niezależnym portalu

Fragment Analyzer FEMTO PULS firmy Advanced Analytical Technologies - zdobywcą prestiżowej nagrody "One of the 100 Most Technologically Significant New Products of the Year in Analytical/Test":


PRZYKŁADOWE APLIKACJE


Sekwencjonowanie nowej generacji NGS

Technika sekwencjonowania nowej generacji NGS zrewolucjonizowała badania nad kwasami nukleinowymi dzięki zdecydowanie większej przepustowości i większej ilości otrzymywanych danych w porównaniu z tradycyjnym, sangerowskim sekwencjonowaniem. Powodzenie w badaniach typu NGS w bardzo dużym stopniu zależy od jakości próbek DNA lub RNA. Z tego powodu przygotowanie bibliotek DNA lub RNA jest kluczowym etapem w tej analizie. 
Dzięki zastosowaniu Fragment Analyzera w procesie kontroli jakości próbek DNA lub RNA w trakcie przygotowywania biblioteki NGS mamy pewność, że uzyskamy bardziej powtarzalne i spójne wyniki. 
Dzięki zastosowaniu aparatu Fragment Analyzer na różnych etapach przygotowywania biblioteki NGS do rozdziału próbek pofragmentowanych, pociętych, z doligowanymi zmodyfikowanymi oligonukleotydami, o wybranej długości, wzbogaconych przed analizą, zamplifikowanych i innych uzyskamy dokładniejsze wyniki jakościowe i ilościowe. Wykonanie wszystkich niezbędnych kroków podczas przygotowywania biblioteki jest bardzo czasochłonne. Laboratoria zajmujące się sekwencjonowaniem nowej generacji bardzo często nie mogą sekwencjonować większej ilości próbek ze względu na „wąskie gardło” związane z kontrolą jakości próbek wykonywaną tradycyjnymi metodami lub z wykorzystaniem małoprzepustowych urządzeń z gotowymi chipami.


Obecnie, dzięki zastosowaniu elektroforezy kapilarnej proces kontroli jakości można znacznie przyspieszyć i w pełni zautomatyzować. Jest to możliwe dzięki zastosowaniu aparatu Fragment Analyzer. 

Fragment Analyzer w laboratoriach NGS:

- znacznie prostsze przygotowanie próbek
- niezbędne tylko jedno rozcieńczenie próbek w 96-dołkowej płytce 
- skrócenie czasu analizy – tylko 40 minut 
- wyższa czułość – detekcja pofragmentowanego DNA już od stężenia 50pg/µl 
- bardzo duża przepustowość – jednoczesna analizy aż 288 próbek w formacie 3x96, samodzielne definiowanie kolejności analizy płytek i/lub rzędów 
- kompatybilność z wszystkimi sekwenatorami NGS – analiza krótkich i długich fragmentów do długości nawet 15000pz. 

wróć na górę


CRISPR/Cas9 
Clustered Regulary Interspaced Short Palindromic Repeats 

Czym jest system CRISPR/Cas9? 

Technika CRISPR/Cas9 to naturalny mechanizm obronny bakterii, który pozwala im bronić się przed infekcjami wirusowymi i obcymi plazmidami dzięki nabytej odporności. Przez wieki bakterie były atakowane przez wirusy. Odpowiedzią bakterii na te ataki było wprowadzenie cząsteczek RNA, które rozpoznawały intruza, łączyły się z jego materiałem genetycznym i niszczyły go. 
W bakteryjnym DNA po odparciu ataku wirusa pozostają krótkie powtórzone sekwencje (stąd nazwa palindromowe) z krótkimi oddzielającymi sekwencjami pomiędzy nimi. Te powtórzone, palindromowe sekwencja wraz z krótkimi sekwencjami oddzielającymi je były sukcesywnie rozbudowywane po każdym „spotkaniu” bakterii z wirusem lub plazmidem bakteryjnym. 
W roku 2010 naukowcy zrozumieli jak działa ten mechanizm obronny bakterii. Stwierdzili, że mechanizm ten może być wykorzystywany nie tylko do wychwytywania wirusowego DNA ale każdej sekwencji DNA specyficznej dla wybranego genu lub genów. Dzięki wprowadzeniu specyficznych cząsteczek RNA (guide RNA) w połączeniu z enzymem o nazwie Cas 9 specyficznie można wychwytywać sekwencje interesujących nas genów. 
W systemie CRISPR/Cas9 cząsteczki guide RNA (sgRNA) są to krótkie sztuczne zsyntetyzowane sekwencje, które są komplementarne do docelowej sekwencji DNA. Cząsteczki sgRNA są częścią długiego fragmentu RNA który wraz z kompleksem enzymatycznym Cas9 tworzy ryboproteinę. Jak sugeruje nazwa sgRNA ustawia enzym Cas9 we właściwej pozycji do cięcia docelowego DNA. W efekcie końcowym powstaje programowalna nukleaza, która dostarcza narzędzi do modyfikowania genów poprzez cięcie dwuniciowego DNA w wybranej lokalizacji w genomie.

Czemu jakość CRISPR/Cas9 jest ważna 

W porównaniu z poprzednimi technikami modyfikowania genów opartymi o białka takimi jak ZFNs lub TALENs technik CRISPR/Cas9 wprowadziła znaczące ulepszenia. Jest szybsza i tańsza niż te dwie wcześniejsze i znacznie mniej zawodna w porównaniu z ZFNs. 
Co najważniejsze technika CRISPR/Cas 9 może być wykorzystana jednocześnie dla wielu genów, co jest ogromną zaletą jeśli weźmiemy pod uwagę badania nad szeregiem chorób genetycznych w których nie występują pojedyncze mutacje ale wiele zmutowanych genów wpływających na siebie nawzajem. 
Dzięki temu naukowcy stosujący tą technikę mogą „wyłączyć” lub „włączyć” wiele genów jednocześnie. Dzięki „chirurgicznej” dokładności technika CRISPR/Cas9 w znacznym stopniu przewyższa poprzednie techniki, a naukowcy zyskali narzędzie pozwalając im dotrzeć do konkretnego nukleotydu w docelowym genie. 

Jaka rolę odgrywa Fragment Analyzer w technice CRISPR/Cas9


Wydajność wprowadzania zmian w genomie między innymi zależy od wybranego programowalnego mechanizmu naprawczego, który będzie wykorzystywany w miejscu pęknięcia nici DNA. Najczęściej spotykane są dwa typu mechanizmów naprawczych: scalanie niehomologicznych końców (non-homologous end joining NHEJ) i homologiczna rekombinacja (homology-directed repair HDR). Mechanizm NHEJ często prowadzi do powstania małych insercji i delecji, które wyłączają funkcję danego genu. Mechanizm HDR korzysta z homologicznego DNA jako naprawczego DNA. Korzystając z tego mechanizmu naukowcy mogą tworzyć wiele rodzajów modyfikacji genetycznych, wprowadzać dowolne sekwencje DNA otoczone z dwóch stron sekwencjami komplementarnymi do docelowego genu. 
Jeśli naukowcy stosują programowalny mechanizm naprawczy NHEJ lub HDR to za pomocą Fragment Analyzera w prosty i szybki sposób mogą oszacować wydajność wprowadzonych zmian w genie przy użyciu techniki CRISPR/Cas9. 
Każdorazowo po wprowadzeniu mutacji przy użyciu systemu CRISPR/Cas9, następuje izolacji DNA i amplifikacja fragmentu z primerami specyficznymi do docelowego genu. W następnym etapie heterodupleksy DNA są cięte specyficznym enzymem, który rozpoznaje niesparowane nukleotydy. Po tym etapie dzięki aparatowi Fragment Analyzer w bardzo łatwy i szybki sposób możemy zidentyfikować te pocięte fragmenty DNA, które świadczą o wprowadzeniu nowej mutacji w wybranym genie przy użyciu techniki CRISPR/Cas 9.

wróć na górę


Genomowe DNA 

Analizę DNA, którą zwykle wykonywało się stosując dwa różne urządzenia teraz możesz być wykonana przy pomocy jednego urządzenia. Fragment Analyzer. Pozwoli on równolegle oszacować zarówno jakości jak i ilość genomowego DNA w trakcie jednej analizy. Efektywność analizy daje lepsze korzyści niż jej szybkość. Ponieważ obie analizy wykonywane są jednocześnie z tej samej próbki oba wyniki znamy od razu. Dzięki temu można znacznie przyspieszyć przygotowywanie prób i przejść bezpośrednio do dalszych analiz genomowego DNA. 

wróć na górę


Analiza fragmentów po reakcji PCR

Kiedy dysponujemy bardzo niewielką ilość materiału genetycznego lub jest on podegradowany to bardzo przydatnym narzędziem, pozwalającym na wykonanie analizy jest reakcja PCR. Bardzo często reakcja PCR i analiza fragmentów po reakcji jest pierwszym etapem w takich aplikacjach jak:

- CRISPR/Cas 9
- TILLiNG
- sekwencjonowanie NGS
- odwrotna genetyka
- detekcja mutacji
- mapowanie genetyczne
- i wiele innych

Bardzo istotne jest aby po reakcji PCR a przed rozpoczęciem właściwych badań sprawdzić jakość i ilość otrzymanych produktów PCR. W tym celu można zastosować aparat Fragment Analyzer. Analiza jakościowa i ilościowa fragmentów po reakcji PCR z wykorzystaniem techniki elektroforezy kapilarnej (CE) jest standardowo stosowana między innymi w takich laboratoriach, uczelniach jak:

- Laboratorium Quake, Uniwersytet Stanford w badaniach mutacji nowotworowych w mózgu
- Uniwersytet Jana Guttenberga w Niemczech w badaniach wolnokrążącego DNA( cfDNA)
- Narodowy Uniwersytet Seulski w badaniach nad żeńszeniem.

Fragment Analyzer pozwala na wykonanie automatycznej, wysokoprzepustowej ( do 288 próbek jednocześnie) jakościowej i ilościowej analizy fragmentów po reakcji PCR.

wróć na górę


RNA

Jak do tej pory konieczne były dwa urządzenia do zbadania jakości i ilości RNA. Teraz obie te aplikacje zostały zautomatyzowane i połączone w jednym urządzeniu Fragment Analyzer
Fragment Analyzer w znaczący sposób rewolucjonizował proces analizy dzięki czemu w ciągu tygodnia możemy przeanalizować nawet ponad 1000 próbek. Nawet jeśli nie potrzebujemy analizować tak dużej liczby próbek na pewno docenimy szybkość przygotowania próbki do analizy i wolny czas, który można poświęcić na inne zajęcia w laboratorium. Fragment Analyzer w znaczący sposób przyspieszy pracę w laboratorium.
Po analizie RNA lub mRNA automatycznie otrzymujemy wyniki dotyczące jakości i integralności badanej próbki. Wynik w skali od 1 do 10 zawsze pozwolą na skorelowanie otrzymanego rezultatu z danymi otrzymanymi w innych laboratoriach.

wróć na górę


Analiza mikrosatelitarnego DNA

Analiza polimorfizmów i profilowanie genetyczne przy bardzo niewielkim nakładzie pracy manualnej dzięki zastosowaniu 12, 48 lub 96
-kapilarnej elektroforezy w aparacie Fragment Analyzer.
Przy badaniach regionów polimorficznych stosuje się szereg nieznakowanych primerów co prowadzi do powstania szeregu produktów PCR. Dzięki zastosowaniu aparatu Fragment Analyzer w znaczący sposób można zwiększyć ilość analizowanych prób i wydajność. Osiągnąć to można dzięki znacznemu skróceniu czasu analizy, zwiększeniu rozdzielczości. Umożliwi to otrzymanie kompletnych wyników na temat wielkości i ilości analizowanego mikrosatelitarnego regionu.

wróć na górę


Analiza mutacji, TILLiNG

Uwolnij się od zawiłej i niespójnej manualnej metody jaką jest TILLiNG. Dzięki użyciu Fragment Analyzera w znaczący sposób można usprawnić cały ten proces a dzięki prostemu protokółowi, uzyskamy wyniki dwa razy szybcie,j dwukrotnie zmniejszając czas manualnej pracy.
Nie ma konieczności stosowania primerów znakowanych fluorescencyjnie, nie trzeba oczyszczać próbki. Dzięki dedykowanemu zestawowi do TILLiNG’u i wystandaryzowanej procedurze w bardzo łatwy i niekłopotliwy sposób można wykonać tą analizę.
Wystandaryzowany zestaw może być wykorzystany do diploidalnego, tetraploidalnego i heksaploidlnego DNA w pojedynczych próbkach lub w puli próbek. Fragment Analyzer jest stosowany w odwrotnej genetyce między innymi takich organizmów jak: ryż, kukurydza, pszenica, sałata, pomidor.

wróć na górę